Курение кальяна наносит серьёзный вред здоровью курильщика.

За один час курения кальяна человек вдыхает в 100—200 раз больше дыма, чем при выкуривании одной сигареты, при этом происходит попадание в легкие большого количества угарного газа, несмотря на меньшее содержание вредных веществ и никотина (при курении табака). При сеансе длительностью в 45 минут курильщик потребляет больше угарного газа, чем при выкуривании пачки сигарет (при температуре угля в кальяне 600°-650 °C) [12]. Необходимость прикладывать определённое усилие приводит к проникновению дыма в более глубокие участки лёгких (в нижние дыхательные пути). Если курение происходит в непроветриваемом помещении, то добавляется эффект пассивного курения.
Кальян обычно курится в компании, поэтому есть опасность передачи через слюну на мундштуке некоторых заболеваний.

Оценка воздействия кальяна на здоровье человека весьма субъективна. Если, например, сигареты создаются по международному стандарту табачной промышленности, то с кальяном все гораздо сложнее, так как содержание вредных веществ зависит от многих факторов, среди которых качество и вид табака (в различных табаках содержание никотина и смолы различны), качество угля (основа угля бывает сернистой или органической), температура горения табака (зависит от многих факторов). При курении «некачественного» кальяна или просто длительном курении возможно отравление (возникает чувство головокружения и тошноты), а также краткосрочное образование одышки. Также не советуют комбинировать употребление алкоголя и кальяна, эффект может быть весьма негативным.
По заявлению Всемирной организации здравоохранения, кальян не является безвредной альтернативой сигаретам.